Kajian kefungsian genom ikan siakap (Lates calcarifier) menggunakan pendekatan est dan mikroatur dna

Abstract

Kajian dilakukan bagi mengenalpasti profil pengekspresan gen-gen tisu otot L. calcarifer mengikut peringkat tumbesaran. Pendekatan pencarian dan pengenalpastian gen-gen tisu otot menggunakan penanda jujukan terekspres (EST) telah digunakan. Perpustakaan cDNA tisu otot dengan nilai titer perpustakaan primer sebanyak 4.58 x 105 pfu, peratusan rekombinan 98% dan purata saiz selitan sebanyak lOOOpb telah berjaya dibina. Sebanyak 2262 jujukan EST telah diperoleh dan sebanyak 435 transkrip unik telah dihasilkan daripada analisis pengkelompokan menggunakan StackPACK. Analisis pemadanan jujukan mendapati 142 transkrip mempunyai padanan dengan jujukan spesies ikan manakala sejumlah 177 transkrip tidak mempunyai padanan dengan mana-mana jujukan yang sedia ada dalam pangkalan data umum nr GenBank.